Udzielenie sublicencji na znak towarowy będzie podlegać podatkowi od towarów i usług (VAT). Nowelizacja ustawy o VAT z 26 marca 2002 roku rozszerzyła bowiem zakres opodatkowanych usług m.in. o licencjonowanie i przenoszenie praw do programów komputerowych oraz sprzedaż praw lub udzielenie licencji i sublicencji w rozumieniu prawa własności przemysłowej (pwp).

O ile obowiązująca ustawa o prawie własności przemysłowej zezwala na sublicencję wynalazku, to nie dopuszcza jej w odniesieniu do znaku towarowego. Jest to oczywiści dużym utrudnieniem dla przedsiębiorców działających w oparciu o umowę franchisingu. Znak towarowy może być udostępniony tylko przez podmiot na który został zarejestrowany. Często jest to firma zagraniczna, co dodatkowo ogranicza efektywność tworzenia sieci pod wspólną marką.

W zasadzie podatek nie spowoduje dodatkowego obciążenia finansowego licencjobiorców. Praktycznie wszystkie firmy używające cudzych znaków towarowych są płatnikami VAT, a więc mogą pomniejszyć podatek należny o naliczony. W gorszej sytuacji znajdować się będą firmy korzystające z sublicencji udzielanych przez podmioty zagraniczne. Ustawa o VAT traktować to będzie jako import usług.

To jednak nie jedyne utrudnienie. Uprawnienie do używania znaku towarowego przekazywane jest często w ramach transakcji złożonych tj. umowa franchisingowa, obejmujących również know-how, którego VAT nie obciąża. Powoduje to konieczność rozdzielenia należności za usługi opodatkowane oraz czynności nie podlegające VAT. Dla poprawności rozliczeń z fiskusem firmy powinny określić w umowie wartość poszczególnych elementów świadczenia.

Obrót prawami własności przemysłowej budzi wątpliwości również co do zakresu opodatkowania czynności z zakresu tego obrotu. W ustawie o VAT jest mowa jedynie o sprzedaży i udzieleniu licencji i sublicencji. Tymczasem pwp przewiduje możliwość przenoszenia tych uprawnień również w drodze darowizny czy zamiany praw.
Rozwiązanie pomijające pozostałe sposoby przenoszenia uprawnień należy, zgodnie z zasadami wykładni prawa, uznać za świadome ze strony ustawodawcy. Inną interpretację mogą jednak stosować urzędy skarbowe uznając, że popełnione zostało przeoczenie. Mogłoby dojść do sytuacji w której nieopodatkowanie np. darowizny znaku towarowego stanowić będzie zaległość podatkową.